No PNSACV, grande parte da flora e da fauna terrestres são típicas de habitats abertos e instáveis, consequência da escassez de formações florestais que se restringem, natural ou artificialmente, a situações abrigadas e declivosas e/ou marginais para a agricultura ou agro-pecuária. No entanto, nos anos mais recentes, a intervenção humana tem levado ao aumento da área florestal, especialmente nos concelhos de Sines e Aljezur.
O coberto arbóreo do PNSACV apresenta duas componentes fundamentais:

- a natural, constituída por formações de matos diversificados dominadas por quercíneas (sobreiro - Quercus suber, carvalho cerquinho - Quercus faginea) localizadas nos vales fluviais encaixados, onde se verifica a ocorrência marginal ou relíctica de plantas de valor científico elevado e de interessantes comunidades faunísticas;

- a artificial, constituída por bosquetes de pinheiros bravos (Pinus pinaster), cortinas de abrigo de composição variada e eucaliptos (Eucaliptus globulus) estremes e que contribuem para a diversificação da paisagem rural.

• Manchas com Pinhal:

constituem manchas florestais com uma elevada riqueza relativamente às comunidades de aves, referindo-se como exemplo, pela sua importância, o pinhal manso da Bordeira, no concelho de Aljezur, e o pinhal bravo do Vale Santo, no concelho de Vila do Bispo;
este último constitui um importante local de repouso para várias espécies de aves (nomeadamente para aves de rapina, passeriformes e rolas) durante a migração outonal em direcção ao continente africano;
a área ocupada por pinhal é maior nos concelhos de Sines e Aljezur, seguindo-se o de Vila do Bispo;
o pinheiro manso surge apenas nas formações artificiais do tipo bosquete ou cortina e encontra-se fundamentalmente ao longo da planície litoral do concelho de Odemira;
a preservação destas manchas é fundamental, uma vez que constituem locais de concentração fundamentais no corredor migratório usados por centenas de aves como áreas de repouso e alimentação.

• Manchas com sobreiro:

nos concelhos do PNSACV, as áreas ocupadas com sobreiral foram reduzidas em resultado da intervenção humana ao longo dos anos 80, nomeadamente pela substituição com outras espécies (principalmente eucalipto) e pelas modificações verificadas nos sistemas de produção, encontrando-se essencialmente nas zonas de sub-serra dos concelhos de Odemira e Aljezur e nos vales encaixados ao longo dos principais cursos de água do PNSACV; em ambos os casos, os custos de exploração são bastante elevados e pouco atractivos para as populações, pelo que é necessário prevenir o abandono destas áreas.

• Manchas com eucalipto:

a área florestal ocupada com eucalipto sofreu um aumento rápido e considerável, principalmente nos concelhos de Odemira e Aljezur, ocupando mais de 30% da área florestal do concelho de Odemira e tendo duplicado a sua área relativa no de Aljezur;
para fazer face à degradação dos biótopos associados às manchas florestais das espécies que têm vindo a ser substituídas por eucalipto, o PNSACV tem procurado promover, na fase de projecto, a inclusão de medidas que favoreçam a biodiversidade no seio destas manchas.

• Vales encaixados:

os vales encaixados, que se encontram ao longo de todo o PNSACV, possuem uma elevada riqueza florística (medronheiro - Arbutus unedo, urze - Erica arborea e Erica umbellata, sobreiro, carvalho cerquinho, azinheira - Quercus rotundifolia, etc.) e um grande potencial em termos faunísticos, constituindo-se como zona de abrigo para várias espécies de vertebrados, destacando-se, por exemplo, a importância dos vales costeiros encaixados para a sobrevivência da Lontra (Lutra lutra).

As linhas de água de pequena dimensão que drenam directamente para o mar ao longo de todo o PNSACV constituem elementos diversificadores da paisagem e das comunidades de flora e fauna de toda uma vasta área. São também o factor condicionante mais importante para a existência da população marinha de lontras e para a produtividade do intertidal marinho, uma vez que é desta forma que se processa o transporte de nutrientes do meio terrestre para o marítimo.